住宅ローンの申し込みは3パターンあります。
①ご自身でインターネットで申し込む②勤務先の取引金融機関で申し込む③不動産会社の取引金融機関で申し込む、の3パターンです。③のパターンが一般的には多いです。
①②を利用する場合の注意点としては、契約書にローン特約が付きませんので、万一契約後にローンが否決となった場合に手付金（契約金）が没収されるというリスクがあります。
その点においては③は安心です。
不動産の契約をする時に住宅ローンについて契約書にどのよう記載されているかはしっかりご確認下さい。